單個作用極其微弱的多數同義互補的基因組成的基因群，這些基因與數量性狀表現有關，這種基因群稱為多基因系，基因群中的各個基因稱為多基因或小基因。

自W。L。Johannsen提出純系學說以來，遺傳上所研究的變異凈是些不連續的。由于H。Nilsson-Ehle和E。M。East等人引入同義基因的概念，對在F2中所表現的連續變異的解釋已成為可能。多基因學說是由K。Mather提出的，他把同義基因的概念加以擴充，系統地發展了數量性狀的統計分析法。

真正的純系其多基因系也應該是純合的，所以沒有性狀的遺傳方差，它們所表現出來的連續變異是由于環境的影響所致。在不同的純系交配所產生的F1中，每一個體雖然都是雜合體，但由于它們的基因型都是一樣的，所以仍然沒有遺傳方差。

在F2中，個體的性狀按多基因的數目多少而呈階梯狀的分布，加上環境的影響，去掉階梯的棱角圖形就接近于正態分布。實際上多基因之間有相加和相乘二種關系，此外等位基因之間還有顯隱性關系，非等位基因之間有上位關系(非相加的相互作用)，再加上細胞質的問題，所以為了進行分析，必須把這些因素都加以適當的整理。

根據理論上推算的基因型來推斷各分離世代的群體，與實際看到的分離世代中數量性狀的平均值進行比較來估計基因效應和有效基因的數目等。關于多基因的這種統計學處理是重要的分析方法。

多基因中所產生的突變，由于其作用很小，所以這些變異是作為潛伏的變異而遺傳下去，它們使得個體的適應范圍擴大，并通過自然選擇在進化中起著很大的作用。

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